Po štúdiách a podnikaní v súkromí strávil Emil Fitoš viac ako 20 rokov pracovného života v spoločnosti Siemens, neskôr v spoločnosti Atos. V roku 2014 sa stal generálnym riaditeľom Atos Slovensko a Atos Česká republika. Pod jeho vedením bol Atos jednou z popredných spoločností na trhu s významným inovačným prínosom.
Dňa 21. júna 2017 bol zvolený za prezidenta IT Asociácie Slovenska. V rokoch 2019 a 2021 bol zvolený opätovne. Pôsobí ako poradca vlády SR a podpredseda Rady vlády SR pre digitalizáciu verejného sektora a jednotný digitálny trh.
Dianie v digitalizácii Slovenska ovplyvňuje aj cez svoje zapojenie do aktivít Digitálnej koalície a Centra pre rozvoj umelej inteligencie AI Slovakia. Bol jedným z iniciátorov vzniku Slovenského centra digitálnych inovácií.
